L’IPSEMA nasce nel 1994 quando un decreto legislativo ricompone in un unico Ente le attività per i lavoratori del mare fino ad allora svolte dalle Casse Marittime. La protezione per i marittimi risale, però al Medioevo. La navigazione, infatti, è stata percepita dall’uomo sempre come un pericolo e le prime forme di protezione dei marittimi si rintracciano negli statuti delle città marinare e ancora prima Genova, Napoli e Trieste sono state le città-fulcro di questa assistenza, perché lì nacquero all'inizio del Novecento i "Sindacati", trasformati nel 1933 in "Casse Marittime", fino alla nascita dell'Istituto di Previdenza per il Settore Marittimo.